Les reptiles ont sût s'adapter à des habitats très différents. On les trouve dans les forêts tropicales avec des substrats et sols humides, mais ils peuplent également les déserts où ils s’enfuissent dans le sable. Dans les zones montagneuses les lézards aiment se cacher dans des amas de pierres. Les reptiles ont également colonisé les milieux aquatiques : certaines tortues et certains serpents sont à leur aise dans les rivières (fond de galets et graviers) et lacs d'eau douce.